Las ventanas aparecen desencuadradas usando Emerald

Instalé Emerald como complemento de Compiz, y quedó muy bonito al aplicar un tema de Emerald, pero vi desde el principio un problema, y es que al abrir una ventana cualquiera, aparece desencuadrada, no se ajusta correctamente a la pantalla y tengo que maximizarla para que se encuadre. Con Konqueror y con Firefox con maximizarlas la primera vez, ya las siguientes veces se abren maximizadas, pero otras ventanas, como las de RPMDrake o el Centro de Control de Mandriva, o cualquier programa que ocupe la pantalla completa, aparecen siempre desencuadradas, y al principio uno no le da importancia, pero cuando te llevas un buen rato haciendo lo mismo empieza a cansar.
Me encanta la apariencia que le da Emerald a las ventanas, pero esto me resulta un poco molesto.

¿Alguien más que use Emerald nota o ha notado lo mismo que yo? ¿si es así, existe alguna solución para que las ventanas aparezcan encuadradas?